目前，脊索瘤的治疗多是以手术联合X光治疗，但很难做到切除干净，并且这种肿瘤对X光的抵抗性较强，局部复发率很高。

　　截止到2011年2月为止，放医研已经对770例无法手术的骨与软组织肿瘤为对象进行了治疗。其中最多的是骶骨原发的脊索瘤，其次是骨肉瘤、软骨肉瘤、恶性纤维组织细胞瘤等。

　　在治疗效果的评估上，使用的是两个数据，一是5年局部控制率，二是5年生存率。从2000年放医研对无法手术的骨与软组织肉瘤进行的剂量固定临床试验的总体治疗效果来看，5年局部控制率为69%，5年生存率为59%，这是包括所有骨肿瘤与软组织肿瘤在内的治疗成绩。而就病例数量最多的骶骨脊索瘤来说，5年局部控制率高达88%，五年生存率达86%。原发于骶骨的肿瘤一般难以通过手术切除，且切除后的机能损失也很大。可能需做人工肛门或发生步行障碍等。因此，对患者的负担小，治疗后机能损失少的重离子治疗自然成为治疗的最优选择。

　　重离子治疗的副作用轻微，只在病灶临近体表，无法避免对皮肤照射的病例中发现了糜烂和溃疡等症状，而近来放医研通过改善治疗手法已能够避免上述问题的发生。

　　放医研对骶骨脊索瘤的治疗成果在2004年被发表在国际知名的科学杂志上，并被收录于2006年肿瘤学年鉴(The Year Book of Oncology)中。

　　可以肯定的说，以优越的剂量集中型和高生物学效应著称的重离子治疗，对于无法手术的脊索瘤等骨与软组织肿瘤是安全而有效的。